Tại khu bảo tồn thiên nhiên Na Hang còn khoảng 68% diện tích là rừng ẩm nhiệt đới vẫn còn ở tình trạng nguyên sinh hoặc chỉ thay đổi chút ít bởi sự tác động của con người. Trong đó có khoảng 70% là rừng trên núi đá vôi, tuy nhiên còn có những vùng rừng thường xanh còn lại trên các đai thấp (Cox 1994). Cho đến nay đã xác định được trên 2.000 loài thực vật (McNab và cộng sự, 2000), trong đó có nhiều loài được ghi trong Sách đỏ Việt Nam (Anon. 1996) như Trai (Garcinia fragraeoides), Mun (Diospyrus mollis), Nghiến (Burretiodendron hsienmu), Lát Hoa (Chukrasiatabularis A.juss), Đinh (Markhamia stipulata), Thông tre (Podocarpus neriifolius), Hoàng đàn, Trầm gió theo Hill và Hallam (1997).